經(jīng)過(guò)顯微鏡直接觀察。普通來(lái)說(shuō)，在一定的培育條件下（相反的培育基、溫度以及培育時(shí)間），同種微生物表現(xiàn)出動(dòng)搖的菌落特征。這些特征包括菌落的外形、大小、隆起水平和顏色等方面。因此可以經(jīng)過(guò)顯微鏡觀察菌落特征對(duì)微生物種類(lèi)停止判別。接上去健明迪檢測(cè)為你詳細(xì)解答，希望可以協(xié)助到你。

運(yùn)用選擇培育基培育微生物或人為提供有利于目的菌株生長(zhǎng)的條件。選擇培育基，望文生義其作用是允許特定種類(lèi)的微生物生長(zhǎng)，同時(shí)抑制或阻止其他微生物生長(zhǎng)。例如，運(yùn)用以尿素作為獨(dú)一氮源的培育基可以培育出可分解脲酶的微生物；在培育基中ph調(diào)至酸性有利于霉菌的生長(zhǎng)繁衍（抑制細(xì)菌的生命活動(dòng)）等。選擇培育普通是經(jīng)過(guò)觀察微生物的異化作用類(lèi)型或某一特征停止直接判別，失掉的微生物往往并不只要一種，但是可以大致確定這些微生物存在的共有特征從而對(duì)其分類(lèi)。

運(yùn)用鑒別培育基。即依據(jù)微生物的代謝特點(diǎn)，在培育基中參與某種指示劑或化學(xué)藥品。例如，水質(zhì)檢驗(yàn)中大腸桿菌的檢驗(yàn)（大腸桿菌的存在數(shù)量用以權(quán)衡水被糞便污染的水平）就用到了伊紅—美藍(lán)試劑，該試劑與水或乳制品中的大腸桿菌反響出現(xiàn)深紫色且?guī)в薪饘俟鉂桑瑢儆诖竽c桿菌的特征反響。與選擇培育相比，鑒別培育基的鑒別所得結(jié)果的范圍比擬小，普通可直接測(cè)定某微生物的種類(lèi)。

LEfSe（Linear discriminant analysis Effect Size，線(xiàn)性判別剖析）即LDA Effect Size剖析，是一種發(fā)現(xiàn)和解釋高緯度數(shù)據(jù)生物標(biāo)識(shí)（分類(lèi)單元、通路、基因）的剖析工具，可以完成兩個(gè)或許多個(gè)分組之間的比擬，同時(shí)也可停止分組外部亞組之間的比擬剖析，從而找到組間在豐度上有清楚差異的物種（即biomaker）。該剖析首先運(yùn)用非參數(shù)Kruskal-Wallis 秩和檢測(cè)不同分組間豐度差異清楚的物種，然后運(yùn)用Wilcoxon秩和檢驗(yàn)上一步的差異物種在不同組間子分組中的差異分歧性，*后采用線(xiàn)性回歸剖析（LDA）來(lái)預(yù)算每個(gè)組分（物種）豐度對(duì)差異效果影響的大小。關(guān)于物種的LDA剖析結(jié)果，可結(jié)合物種退化分支圖展現(xiàn)差異物種及其退化關(guān)系。在微生物多樣性剖析結(jié)果中，會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)圖，一張表（LDA值散布柱狀圖、退化分支圖及特征表）。

注：圖1為差異物種的LDA值散布圖，顏色代表對(duì)應(yīng)分組，柱狀圖的長(zhǎng)度代表差異物種的貢獻(xiàn)度大小（即為L(zhǎng)DA Score），圖中展現(xiàn)了LDA Score大于設(shè)定值（默許設(shè)置為2）的條件下不同組間豐度有清楚差異的物種，即每組內(nèi)豐度清楚高于其它各組的Biomarker。圖2為差異物種物種退化分支圖，由內(nèi)至外輻射的圓圈代表了由門(mén)至屬（或種）的分類(lèi)級(jí)別。在不同分類(lèi)級(jí)別上的每一個(gè)小圓圈代表該水平下的一個(gè)分類(lèi)，小圓圈直徑大小與相對(duì)豐度大小呈正比。著色準(zhǔn)繩：無(wú)清楚差異的物種一致著色為黃色，差異物種跟隨組停止著色，白色節(jié)點(diǎn)表示在白色組別中起到重要作用的微生物類(lèi)群，綠色節(jié)點(diǎn)表示在綠色組別中起到重要作用的微生物類(lèi)群。圖中英文字母代表的物種全稱(chēng)在圖例2中停止展現(xiàn)。

表1 特征表

*列：Biomaker稱(chēng)號(hào)；

第二列：各組分豐度平均值中*值的log10，假設(shè)平均豐度小于10的依照10來(lái)計(jì)算；

第三列：差異物種富集的組名；

第四列：LDA值；

第五列：Kruskal-Wallis秩和檢驗(yàn)的值，若不是Biomarker用“—”表示。

【教程】在設(shè)置參數(shù)有疑問(wèn)，請(qǐng)參考文獻(xiàn)解析和視頻教程；

【LDA閾值】默許預(yù)設(shè)值為2.0，只要LDA值的相對(duì)值大于2才會(huì)顯示在圖中；

【多組比擬戰(zhàn)略】one-against-all (less strict)：指只需物種在恣意兩組中存在差異，就被以為是差異物種；all-against-all (more strict)：指只要物種在多組中都存在差異，才干被以為是差異物種。關(guān)于選擇哪一種戰(zhàn)略，可以依據(jù)自身研討的需求。

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